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L'Istituto, dal primo settembre 1999, raggruppa le tre scuole superiori preesistenti di Follonica: il Liceo "C. Cattaneo", l'Istituto Tecnico Commerciale "L. Fibonacci" e l'Istituto Professionale "L. da Vinci".
Gli Indirizzi di studio sono ubicati nelle sedi operative seguenti:
in Via De Gasperi 6, il Liceo Scientifico tradizionale e il Liceo Scientifico attuativo del Piano Nazionale per l'Informatica;
in Via De Gasperi 8, l'Indirizzo Giuridico-Economico-Aziendale e la Sperimentazione Linguistica Brocca;
in Viale Europa 1, l'Indirizzo Professionale (per Operatori Meccanici (Triennio) e per Tecnici delle Industrie Meccaniche (Biennio successivo).
L’ ISIS di Follonica, dal 7 maggio 2003, è accreditato come Agenzia Formativa da parte della Regione Toscana.
Nell'Istituto vi sono i seguenti quattro indirizzi:
Sperimentazione Linguistica Brocca
Indirizzo Giuridico Economico Aziendale